|
A Linear Ontogeny Accounts for the Development of Naive, Memory and Tumour-Infiltrating Regulatory T Cells in Mice. Pathak, S.; Hogan, T.; Rane, S.; Huang, Y.; Sinclair, C.; Barry, S.; Carnevalli, L.; Yates, A.; Seddon, B. bioRxiv 2024.
Automated Real-World Data Integration Improves Cancer Outcome Prediction. Jee, J.; Fong, C.; Pichotta, K.; Tran, T. N.; Luthra, A.; Waters, M.; Altoe, M.; Liu, S.-Y.; Maron, S. B.; Ahmed, M.; Kim, S.; Pirun, M.; Chatila, W. K.; de Bruijn, I.; Pasha, A.; Kundra, R.; Gross, B.; Mastrogiacomo, B.; Aprati, T. J.; Liu, D.; Gao, J.; Capelletti, M.; Pekala, K.; Loudon, L.; Perry, M.; Bandlamudi, C.; Donoghue, M.; Satravada, B. A.; Martin, A.; Shen, R.; Chen, Y.; Brannon, A. R.; Chang, J.; Braunstein, L.; Li, A.; Safonov, A.; Stonestrom, A.; Sanchez-Vela, P.; Wilhelm, C.; Robson, M.; Scher, H.; Ladanyi, M.; Reis-Filho, J.S.; Solit, D. B.; Jones, D. R.; Gomez, D.; Yu, H.; Chakravarty, D.; Yaeger, R.; Abida, W.; Park, W.; O’Reilly, E. M.; Garcia-Aguilar, J.; Socci, N.; Sanchez-Vega, F.; Carrot-Zhang, J.; Stetson, P. D.; Levine, R.; Rudin, C. M.; Berger, M. F.; Shah, S. P.; Schrag, D.; Razavi, P.; Kehl, K. L.; Li, B. T.; Riely, G. J.; Schultz, N.; Lisman, A.; Zhao, G.; de Bruijn, I.; Chatila, W. K.; Li, X.; Kohli, A.; Moore, D.; Lim, R.; Pollard, T.; Sheridan, R.; Wang, A.; Chennault, C.; Wilson, M.; Zhang, H.; Pimienta, R.; Rangavajhala, S.; Subramanian, G.; Garcia, J.; Rachuri, N.; Boehm, K.; Parker, M.; Walch, H.; Nandakumar, S.; Eichholz, J.; Kris, A.; Manca, P.; Bai, X.; Agbamu, T.; Bi, X; MSK Cancer Data Science Initiative Group Nature 2024, in press.
Estimating the Causal Effects of T Cell Receptors. Weinstein, E. N.; Wood, E. B.; Blei, D. M. arxiv 2024.
Joint Representation and Visualization of Derailed Cell States with Decipher. Nazaret, A.; Fan, J. L.; Lavallée, V.-P.; Burdziak, C.; Cornish, A. E.; Kiseliovas, V.; Bowman, R. L.; Masilionis, I.; Chun, J.; Eisman, S. E.; Wang, J.; Hong, J.; Shi, L.; Levine, R. L.; Mazutis, L.; Blei, D.; Pe’er, D.; Azizi, E. bioRxiv 2024.
Squidiff: Predicting Cellular Development and Responses to Perturbations Using a Diffusion Model. He, S.; Zhu, Y.; Tavakol, D. N.; Ye, H.; Lao, Y.-H.; Zhu, Z.; Xu, C.; Chauhan, S.; Garty, G.; Tomer, R.; Vunjak-Novakovic, G.; Zou, J.; Azizi, E.; Leong, K. W. bioRxiv 2024.
Treeffuser: Probabilistic Predictions via Conditional Diffusions with Gradient-Boosted Trees. Beltran-Velez, N.; Grande, A. A.; Nazaret, A.; Kucukelbir, A; Blei, D. arxiv 2024.
Tumour Evolution and Microenvironment Interactions in 2D and 3D Space. Mo, C.-K.; Liu, J.; Chen, S.; Storrs, E.; Targino da Costa, A. L. N.; Houston, A.; Wendl, M. C.; Jayasinghe, R. G.; Iglesia, M. D.; Ma, C.; Herndon, J. M.; Southard-Smith, A. N.; Liu, X.; Mudd, J.; Karpova, A.; Shinkle, A.; Goedegebuure, S. P.; Abdelzaher, A. T. M. A.; Bo, P.; Fulghum, L.; Livingston, S.; Balaban, M.; Hill, A.; Ippolito, J. E.; Thorsson, V.; Held, J. M.; Hagemann, I. S.; Kim, E. H.; Bayguinov, P. O.; Kim, A. H.; Mullen, M. M.; Shoghi, K. I.; Ju, T.; Reimers, M. A.; Weimholt, C.; Kang, L.-I.; Puram, S. V.; Veis, D. J.; Pachynski, R.; Fuh, K. C.; Chheda, M. G.; Gillanders, W. E.; Fields, R. C.; Raphael, B. J.; Chen, F.; Ding, L. Nature 2024, 634 (8036), 1178-1186.
|
