|
Accelerating Biomedical Discoveries in Brain Health through Transformative Neuropathology of Aging and Neurodegeneration. Murray, M. E.; Smith, C.; Menon, V.; Keene, C. D.; Lein, E.; Hawrylycz, M.; Aguzzi, A.; Benedetti, B.; Brose, K.; Caetano-Anolles, K.; Sillero, M. I. C.; Crary, J. F.; De Jager, P. L.; Faustin, A.; Flanagan, M. E.; Gokce, O.; Grant, S. G. N.; Grinberg, L. T.; Gutman, D. A.; Hillman, E. M. C.; Huang, Z.; Irwin, D. J.; Jones, D. T.; Kapasi, A.; Karch, C. M.; Kukull, W. T.; Lashley, T.; Lee, E. B.; Lehner, T.; Parkkinen, L.; Pedersen, M.; Pritchett, D.; Rutledge, M. H.; Schneider, J. A.; Seeley, W. W.; Shepherd, C. E.; Spires-Jones, T. L.; Steen, J. A.; Sutherland, M.; Vickovic, S.; Zhang, B.; Stewart, D. J.; Keiser, M. J.; Vogel, J. W.; Dugger, B. N.; Phatnani, H. Neuron. 2025, in press.
A Linear Ontogeny Accounts for the Development of Naive, Memory, and Tumor-Infiltrating Regulatory T Cells in Mice. Pathak, S.; Hogan, T.; Rane, S.; Huang, Y.; Pearson, C.; Sinclair, C.; Barry, S.; Carnevalli, L.; Yates, A. J.; Seddon, B. Science immunology 2025, 10(108), eadu7341.
Anomaly Detection in Spatial Transcriptomics via Spatially Localized Density Comparison. Hu, G.; Gold, J.; Chitra, U.; Joshi, S.; Raphael, B. J. Bioinformatics 2025, 41, i493-i501.
CN-SBM: Categorical Block Modelling for Primary and Residual Copy Number Variation. Lam, K.; Daniels, W.; Douglas, J. M.; Lai, D.; Aparicio, S.; Bloem-Reddy, B.; Park, Y. arXiv 2025.
Genomic Alterations in the YAP/TAZ Pathway are Associated with Stem Cell-Like Castration-Resistant Prostate Cancer. Roskes, M. L.; Martinez-Fundichely, A.; Cohen, S.; Balaban, M.; Wong, C. K.; Li, W.; Gonzalez, T. A.; Tehim, A. B.; Xu, H.; ElNaggar, S.; Myers, M.; Bareja, R.; Dorsaint, P.; Gorski, K.; Asad, M.; Assaad, M. A.; Robinson, B. D.; Sigouros, M.; Barnett, E.; Manohar, J.; Tagawa, S.; Nanus, D.; Molina, A.; Nauseef, J. T.; Sternberg, C. N.; Mosquera, J. M.; Scher, H. I.; Sboner, A.; Raphael, B. J.; Chen, Y.; Khurana, E. medRxiv 2025.
Joint Representation and Visualization of Derailed Cell States with Decipher. Nazaret, A.; Fan, J. L.; Lavallée, V.-P.; Burdziak, C.; Cornish, A. E.; Kiseliovas, V.; Bowman, R. L.; Masilionis, I.; Chun, J.; Eisman, S. E.; Wang, J.; Hong, J.; Shi, L.; Levine, R. L.; Mazutis, L.; Blei, D.; Pe’er, D.; Azizi, E. Genome Biology 2025, 26 (1), 219.
Maximum Likelihood Inference of Time-Scaled Cell Lineage Trees with Mixed-Type Missing Data using LAML. Chu, G.; Mai, U.; Schmidt, H.; Raphael, B. J. Genome Biology 2025, 26 (1), 189.
Ongoing Genome Doubling Shapes Evolvability and Immunity in Ovarian Cancer. McPherson, A.; Vázquez-García, I.; Myers, M. A.; Al-Rawi, D. H.; Zatzman, M.; Weiner, A. C.; Freeman, S.; Mohibullah, N.; Satas, G.; Williams, M. J.; Ceglia, N.; Norkūnaitė, D.; Zhang, A. W.; Li, J.; Lim, J. L. P.; Wu, M.; Choi, S.; Havasov, E.; Grewal, D.; Shi, H.; Kim, M.; Schwarz, R. F.; Kaufmann, T.; Dinh, K. N.; Uhlitz, F.; Tran, J.; Wu, Y.; Patel, R.; Ramakrishnan, S.; Kim, D.; Clarke, J.; Green, H.; Ali, E.; DiBona, M.; Varice, N.; Kundra, R.; Broach, V.; Gardner, G. J.; Roche, K. L.; Sonoda, Y.; Zivanovic, O.; Kim, S. H.; Grisham, R. N.; Liu, Y. L.; Viale, A.; Rusk, N.; Lakhman, Y.; Ellenson, L. H.; Tavaré, S.; Aparicio, S.; Chi, D. S.; Aghajanian, C.; Abu-Rustum, N. R.; Friedman, C. F.; Zamarin, D.; Weigelt, B.; Bakhoum, S. F.; Shah, S. P. Nature 2025, in press.
Stochastic Dynamics of Two-Compartment Cell Proliferation Models with Regulatory Mechanisms for Hematopoiesis. Wang, R. Y.; Kimmel, M.; Pang, G. J. Math. Biol. 2025, 91, 18.
The Somatic Mosaicism across Human Tissues Network. Coorens, T. H. H.; Oh, J. W.; Choi, Y. A.; Lim, N. S.; Zhao, B.; Voshall, A.; Abyzov, A.; Antonacci-Fulton, L.; Aparicio, S.; Ardlie, K. G.; Bell, T. J.; Bennett, J. T.; Bernstein, B. E.; Blanchard, T. G.; Boyle, A. P.; Buenrostro, J. D.; Burns, K. H.; Chen, F.; Chen, R.; Choudhury, S.; Doddapaneni, H. V.; Eichler, E. E.; Evrony, G. D.; Faith, M. A.; Fazzio, T. G.; Fulton, R. S.; Garber, M.; Gehlenborg, N.; Germer, S.;Getz, G.; Gibbs, R. A.; Hernandez, R. G.; Jin, F.; Korbel, J. O.; Landau, D. A.; Lawson, H. A.; Lennon, N. J.; Li, H.; Li, Y.; Loh, P.-R.; Marth, G.; McConnell, M. J.; Mills, R. E.; Montgomery, S. B.; Natarajan, P.; Park, P. J.; Satija, R.; Sedlazeck, F. J.; Shao, D. D.; Shen, H.; Stergachis, A. B.; Underhill, H. R.; Urban, A. E.; VonDran, M. W.; Walsh, C. A.; Wang, T.; Wu, T. P.; Zong, C.; Lee, E. A.; Vaccarino, F. M. Nature 2025, 643 (8070), 47-59.
Variational Learning of Disentangled Representations. Slavutsky, Y.; Beker, O.; Blei, D.; Dumitrascu, B. arXiv 2025.
|
