A Heterogeneous Pharmaco-Transcriptomic Landscape Induced by Targeting a Single Oncogenic Kinase. Giglio, R. M.; Hou, N.; Wyatt, A.; Hong, J.; Shi, L.; Vaikunthan, M.; Fuchs, H.; Nima, J. P.;  Malinowski, S. W.; Ligon, K. L.; McFaline-Figueroa, J. R.; Yosef, N.; Azizi, E.; McFaline-Figueroa, J. L. bioRxiv 2024.

Emergent Behaviour and Phase Transitions in Spatially Distributed Multi-Cellular Metabolic Networks. Narayanankutty, K.; Pereiro-Morejon, J. A.; Ferrero, A.; Onesto, V.; Forciniti, S.; del Mercato, L. L.; Mulet, R.; De Martino, A.; Tourigny, D. S.; De Martino, D. arXiv 2024.

Lineage-Specific Proteome Remodeling of Diverse Lung Cancer Cells by Targeted Epigenetic Inhibitors. Lin, C.; Sniezek, C.; Giglio, R. M.; Karki, R.; McGann, C.; Garcia, B. A.; McFaline-Figeroa, J. L.; Schweppe, D. K. bioRxiv 2024. 

Mixed-Curvature Decision Trees and Random Forests. Chlenski, P.; Chu, Q.; Pe'er, I. arXiv 2024.

SenNet Recommendations for Detecting Senescent Cells in Different Tissues. Suryadevara, V.; Hudgins, A. D.; Rajesh, A.; Pappalardo, A.; Karpova, A.; Dey, A. K.; Hertzel, A.; Agudelo, A.; Rocha, A.; Soygur, B.; Schilling, B.; Carver, C. M.; Aguayo-Mazzucato, C.; Baker, D. J.; Bernlohr, D. A.; Jurk, D.; Mangarova, D. B.; Quardokus, E. M.; Enninga, E. A. L.; Schmidt, E. L.; Chen, F.; Duncan, F. E.; Cambuli, F.; Kaur, G.; Kuchel, G. A.; Lee, G.; Daldrup-Link, H. E.; Martini, H.; Phatnani, H.; Al-Naggar, I. M.; Rahman, I.; Nie, J.; Passos, J. F.; Silverstein, J. C.; Campisi, J.; Wang, J.; Iwasaki, K.; Barbosa, K.; Metis, K.; Nernekli, K.; Niedernhofer, L. J.; Ding, L.; Wang, L.; Adams, L. C.; Ruiyang, L.; Doolittle, M. L.; Teneche, M. G.; Schafer, M. J.; Xu, M.; Hajipour, M.; Boroumand, M.; Basisty, N.; Sloan, N.; Slavov, N.; Kuksenko, O.; Robson, P.; Gomez, P. T.; Vasilikos, P.; Adams, P. D.; Carapeto, P.; Zhu, Q.; Ramasamy, R.; Perez-Lorenzo, R.; Fan, R.; Dong, R.; Montgomery, R. R.;Shaikh, S.; Vickovic, S.; Yin, S.; Kang, S.; Suvakov, S.; Khosla, S.; Garovic, V. D.; Menon, V.; Xu, Y.; Song, Y.; Suh, Y.; Dou, Z.; Neretti, N. Nat Rev Mol Cell Biol 2024.

Treeffuser: Probabilistic Predictions via Conditional Diffusions with Gradient-Boosted Trees. Beltran-Velez, N.; Grande, A. A.; Nazaret, A.; Kucukelbir, A.; Blei, D. arXiv 2024.