|
CLADES — Contrastive Learning Augmented DifferEntial Splicing with Orthologous Positive Pairs. Talukder, A.; Keung, N.; Pe’er, I.; Knowles, D. A. bioRxiv 2026.
Evolution of Oncogene Amplification across 86,000 Cancer Cell Genomes. Lee, J. J.-K.; Salehi, S.; Myers, M. A.; Williams, M. J.; Yao, M. A.; Al-Rawi, D. H.; Lee, J.; Sun, E. G.; Thol, K.; Choi, S.; Havasov, E.; Preska Steinberg, A.; Wu, M.; Rusk, N.; Timmons, C.; Phua, C. Z. J.; Martis, S.; Mohibullah, N.; Manoj, P.; Redin, E.; Quintanal-Villalonga, Á.; Razavi, P.; Aparicio, S.; Rekhtman, N.; Tabar, V.; Awad, M. M.; Yu, H. A.; Yu, K. K. H.; Ventura, A.; McPherson, A.; Rudin, C. M.; Shah, S. P. bioRxiv 2026.
Fundamental Mechanism of Ferroptosis: Three Unanswered Questions. Feinsod, H.; Stockwell, B. R. Ferroptosis Oxid Stress 2026, 2 (2).
Homologous Recombination Deficiency and Hemizygosity Drive Resistance in Breast Cancer. Safonov, A.; Lee, M.; Brown, D. N.; Boscolo Bielo, L.; Mehine, M.; Bandlamudi, C.; O’Leary, B.; Shao, H.; Vicente, L.; Muldoon, D.; Zhu, A.; Ros, S.; Marra, A.; Selenica, P.; Bieche, I.; Wubbenhorst, B.; Ferraro, E.; Courtois, L.; El Botty, R.; Ahmed, M.; Moiso, E.; An, J. A.-R.; Donoghue, M. T. A.; Will, M.; Pareja, F.; Nizialek, E.; Lukashchuk, N.; Sofianopoulou, E.; Liu, Y.; Huang, X.; Chappey, C.; Staniszewska, A. D.; Ross, D.; Mandelker, D.; Ladanyi, M.; Schultz, N.; Berger, M. F.; Scaltriti, M.; Reis-Filho, J. S.; Li, B. T.; Offit, K.; Norton, L.; Shen, R.; Maxwell, K. N.; Couch, F.; Domchek, S. M.; Marangoni, E.; Shah, S.; Albertella, M. R.; Serra, V.; Weigelt, B.; Solit, D. B.; Nathanson, K. L.; Robson, M. E.; Turner, N. C.; Chandarlapaty, S.; Razavi, P. Nature 2026, in press.
Mapping Kinase-Dependent Tumor Immune Adaptation with Multiplexed Single-Cell CRISPR Screens. Shi, L.; Giglio, R. M.; Cai, Q.; Vaikunthan, M.; Hong, J.; Naqvi, A.; Milea, M.; Khanshali, H.; Schoonen, A.; Hou, N.; Guo, J.; Fraidenburg, M.; Shen, X.; Malinowski, S. W.; Ligon, K. L.; Rabadan, R.; Azizi, E.; McFaline-Figueroa, J. L. bioRxiv 2026.
Multimodal Spatial Alignment and Morphology Mapping with MOSAICField. Liu, X.; Zheng, H.; Halmos, P.; Gold, J.; Storrs, E.; Ding, L.; Raphael, B. J. bioRxiv 2026.
Perturbation-Guided Mapping of Colorectal Cancer Cell States to Causal Mechanisms. Hediyeh-zadeh, S.; Toh, T. S.; Dufva, O.; Serra, G.; Jackmola, R.; Fourneaux, C.; Pinto, G.; Fang, Z.; Picco, G.; Oliver, A. J.; Elmentaite, R.; Richter, T.; To, K.; Pett, J. P.; Teichmann, S. A.; Azizi, E.; Buettner, F.; Theis, F. J.; Garnett, M. J. bioRxiv 2026.
POTTR: Identifying Recurrent Trajectories in Evolutionary and Developmental Processes Using Posets. Käufler, S. C.; Schmidt, H.; Jürgens, M.; Klau, G. W.; Sashittal, P.; Raphael, B. J. bioRxiv 2026.
Scalable Contrastive Causal Discovery under Unknown Soft Interventions. Zhang, M.; Desai, K.; Kevlishvili, S.; Azizi, E. arXiv 2026.
|
